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税務調査の流れをわかりやすく解説|事前準備から当日の対応まで

税理士 林遼平

税理士 林遼平

税務調査と聞くだけで不安になる方へ

「税務署から電話が来たらどうしよう」
「何を聞かれるのか分からず不安」
税務調査という言葉に、強い緊張を感じる経営者の方は少なくありません。

しかし実際の税務調査は、一定の流れに沿って進みます。
事前に流れやポイントを理解しておくことで、過度な不安は軽減できます。

この記事では、
・税務調査の全体的な流れ
・事前に準備すべきこと
・当日の対応ポイント
・調査後の手続き

を、初めての方にも分かりやすく解説します。

税務調査とは?まず知っておきたい基本

税務調査の目的は「誤りの確認」

税務調査は、納税者が提出した申告内容が正しいかどうかを確認するための手続きです。
必ずしも「不正を疑われている」というわけではありません。

法人税や消費税、所得税などについて、帳簿や領収書、契約書などを確認し、計算に誤りがないかをチェックします。

国税庁も、税務調査は適正な課税を目的として行うと説明しています。
参考:国税庁「税務調査の手続」

まずは「仕組みの一部」であると理解することが大切です。

税務調査の種類(任意調査が一般的)

一般的な中小企業や個人事業主に行われるのは「任意調査」です。
任意とはいっても、正当な理由なく拒否することはできません。

一方、重大な不正が疑われる場合には「強制調査(査察)」がありますが、これは特殊なケースです。
通常の経営者が経験するのは任意調査と考えてよいでしょう。

税務調査の流れ【時系列で解説】

① 事前連絡(調査の約1〜2週間前)

税務署から電話で連絡が入るのが一般的です。
調査対象税目、調査予定日、対象期間などが伝えられます。

この段階で、
・顧問税理士への連絡
・日程調整
・必要書類の確認
を行います。

突然の訪問というイメージを持たれることもありますが、通常は事前通知があります。

② 事前準備(帳簿・資料の整理)

調査までの期間に、以下の資料を整理します。

  • 総勘定元帳
  • 領収書・請求書
  • 契約書
  • 通帳
  • 売上管理表

よくある誤解は、「完璧に揃えなければいけない」という思い込みです。
大切なのは、事実を正確に説明できる状態にしておくことです。

説明が曖昧だと、調査官の確認が長引くことがあります。

③ 調査当日(通常1〜2日)

調査は会社や事務所で行われるのが一般的です。
午前中は全体的なヒアリング、午後は帳簿確認という流れが多いです。

よく聞かれるのは、

  • 事業内容
  • 売上の計上基準
  • 現金管理方法
  • 経費の内容
  • 経理担当者

質問に対しては、落ち着いて事実を説明することが重要です。
感情的になる必要はありません。

④ 調査後のやり取り

調査終了後、指摘事項がある場合は説明があります。
修正申告が必要なケースもあります。

必ずしも追加納税が発生するわけではなく、「問題なし」で終了することもあります。

もし修正が必要な場合は、
・修正申告書の提出
・追加税額の納付
を行います。

税務調査で指摘されやすいポイント

売上の計上漏れ

最も多い指摘事項の一つです。
特に現金売上がある業種では、記録漏れがないか確認されます。

入金ベースではなく、発生ベースで計上しているかも重要なポイントです。

私的経費の混在

経費として計上している支出の中に、
私的利用分が含まれていないかも確認されます。

車両費や交際費、家事按分の割合などは、合理的な根拠が求められます。

ポイント整理:落ち着いて対応するために

税務調査の基本的な流れ

  • 事前連絡
  • 書類準備
  • 当日ヒアリング・帳簿確認
  • 指摘事項の説明
  • 必要に応じて修正申告

【自社対応で問題ないケース】

  • 日々の帳簿管理が適切にできている
  • 売上・経費の根拠資料が整理されている
  • 税務判断に大きな不安がない

この場合は、事実を丁寧に説明することで十分対応可能です。

【専門家に確認した方が安心なケース】

  • 売上計上の基準に不安がある
  • 経理処理で迷いがある
  • 過去の申告内容に自信がない

税務判断が絡む部分は、一度整理することで不安を軽減できます。

よくある質問(Q&A)

Q1:税務調査はどれくらいの頻度で来ますか?

業種や規模によりますが、法人の場合は数年に一度のペースが多い傾向です。
必ず来るものではありませんが、来る可能性は常にあります。

Q2:税務調査で必ず追徴課税されますか?

必ずではありません。
問題がなければそのまま終了します。
軽微な修正のみで済むケースもあります。

Q3:調査当日は経営者がずっと対応する必要がありますか?

基本的には経営者や経理担当者が対応します。
税理士が立ち会うケースも多く、説明のサポートを受けられます。

まとめ:税務調査は「準備と理解」で不安は減らせる

税務調査は突然の出来事に感じますが、流れを理解しておけば過度に恐れる必要はありません。

大切なのは、
・日頃から帳簿を整えておくこと
・事実を正確に説明すること
・不安な点を事前に整理すること

です。

もし「この処理は大丈夫だろうか」と迷う部分がある場合は、事前に確認しておくことで安心感が大きく変わります。
不安を抱え込まず、状況に応じて適切なサポートを検討することも一つの選択肢です。

税理士 林遼平
執筆者:税理士 林遼平
林 遼平(はやし・りょうへい)税理士登録番号:124948号 税理士法人ビジョン・ナビ代表社員。京都出身。大学在学中に公認会計士試験に合格し、東京の監査法人にて上場企業の監査業務を担当。地元京都に戻り、平成29年より現法人の代表社員に就任。税務・会計に加え、IT導入支援や経営計画、労務対応にも精通。公認会計士・税理士・行政書士・社会保険労務士の4資格を保有し、中小企業の経営支援に力を注いでいる。