住民税決定通知書でふるさと納税の控除漏れを確認する方法｜ワンストップ特例・確定申告後に見るべき金額

この記事の役割

ビジョン・ナビでは、すでに住民税通知書に関する記事として、

住民税の通知書が5月に届いたら会社は何をする？6月給与でミスしない確認ポイント

が上がっています。

既存記事は、会社側が住民税通知書を受け取った後に、6月給与へどう反映するかを確認する記事です。

今回の記事は、そこから少し切り口を変えて、従業員本人や社長個人が「ふるさと納税が住民税に反映されているか」を確認する記事にします。

つまり、

• 既存記事：会社側の住民税通知書・給与反映
• 今回記事：個人側のふるさと納税・控除漏れ確認

という役割分担です。

住民税決定通知書で、ふるさと納税が反映されているか不安になる時期

毎年5月から6月ごろになると、勤務先から住民税決定通知書を受け取る人が増えます。

そのときに、

「ふるさと納税って、ちゃんと反映されているのかな」
「ワンストップ特例を出したはずなのに、控除されているか分からない」
「確定申告をしたけど、住民税決定通知書のどこを見ればいいか分からない」
「思っていたより住民税が高い気がする」

と感じる方も多いのではないでしょうか。

ふるさと納税は、寄附額のうち2,000円を超える部分について、所得税と個人住民税から控除を受けられる制度です。国税庁も、ふるさと納税は選んだ自治体に寄附した場合、寄附額のうち2,000円を超える部分について、所得税および個人住民税から控除が受けられる制度と説明しています。

ただし、住民税決定通知書を見ても、ふるさと納税の控除額が一目で分かりにくいことがあります。

この記事では、住民税決定通知書でふるさと納税が反映されているか確認する方法、ワンストップ特例が漏れていないかの見方、確定申告後に確認したいポイントを整理します。

まず確認したいのは「ワンストップ特例」か「確定申告」か

ふるさと納税の控除を確認するときは、まず自分がどちらの方法で手続きしたかを思い出す必要があります。

主なパターンは2つです。

国税庁は、確定申告が不要な給与所得者については、ふるさと納税先が5団体以内の場合に限り、寄附先団体への申請によって控除を受けられる制度がワンストップ特例制度だと説明しています。

一方で、確定申告をする人は注意が必要です。

国税庁は、確定申告を行う方は、ふるさと納税ワンストップ特例の申請が無効となるため、ワンストップ特例を申請した分も含めて寄附金控除額を計算する必要があると説明しています。

つまり、ワンストップ特例を出していても、その後に医療費控除などで確定申告をした場合は、確定申告書にふるさと納税を入れていないと控除漏れになる可能性があります。

住民税決定通知書で見る場所

住民税決定通知書の様式は自治体によって少し異なります。

ただ、ふるさと納税が反映されているか確認するときは、主に次のような項目を見ます。

通知書によっては、「寄附金税額控除」とはっきり書かれていることもあります。
一方で、税額控除額の中に他の控除とまとめて表示されている場合もあります。

そのため、通知書を見て「ふるさと納税」という文字が見当たらないからといって、すぐに控除漏れとは限りません。

まずは、税額控除額や摘要欄を確認しましょう。

ざっくり確認する考え方

ふるさと納税の控除額を確認するときは、厳密な計算を最初からしようとすると難しくなります。

まずは、次のようにざっくり確認します。

たとえば、1年間で5万円ふるさと納税をした場合、自己負担2,000円を除いた4万8,000円が、所得税と住民税から控除されるイメージです。

ただし、控除のされ方は手続き方法によって異なります。

ワンストップ特例を使った場合は、基本的に住民税から控除されます。
確定申告をした場合は、所得税の還付と住民税の控除に分かれます。

国税庁の説明でも、ふるさと納税に係る控除額は、所得税、個人住民税の基本分、個人住民税の特例分に分かれて計算されます。個人住民税の特例分には所得割額の20％という限度があります。

そのため、住民税決定通知書だけを見て、寄附額から2,000円を引いた金額がそのまま載っていないからといって、必ずしも誤りとは限りません。

ワンストップ特例を使った人が確認したいこと

ワンストップ特例を使った人は、住民税決定通知書で控除が反映されているかを確認します。

確認したいのは、次の3つです。

1. 寄附した自治体が5団体以内だったか
2. ワンストップ特例の申請書を各自治体へ提出していたか
3. その後、確定申告をしていないか

特に注意したいのは、3つ目です。

ワンストップ特例を出した後に、医療費控除や住宅ローン控除、事業所得、不動産所得などの理由で確定申告をすると、ワンストップ特例は無効になります。国税庁も、確定申告をする方は、ワンストップ特例の申請をした分も含めて寄附金控除額を計算する必要があると説明しています。

この場合、確定申告書にふるさと納税を入れていなければ、住民税に反映されない可能性があります。

確定申告をした人が確認したいこと

確定申告をした人は、住民税決定通知書だけでなく、確定申告書の記載内容も確認した方がよいです。

国税庁は、ふるさと納税について確定申告で寄附金控除を受ける場合、確定申告書第二表の「寄附金控除に関する事項」に寄附先の名称等と寄附金額を記載し、「住民税に関する事項」の「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄にもふるさと納税として寄附された金額を必ず記載するよう説明しています。記載がない場合、個人住民税の賦課決定の際に控除されないことがあるため注意が必要です。

確定申告をした人は、次の点を確認しましょう。

特に、確定申告書第二表の住民税に関する事項は見落としやすいポイントです。

所得税側では控除が入っていても、住民税側に必要な記載が不足していると、住民税の控除に影響することがあります。

控除漏れかもしれないときの確認手順

住民税決定通知書を見て、ふるさと納税が反映されていないように感じた場合は、いきなり「間違っている」と判断するのではなく、順番に確認しましょう。

まず、寄附した年を確認します。

住民税決定通知書に反映されるのは、前年中の所得や控除です。たとえば、2025年中に行ったふるさと納税は、原則として2026年度の住民税に反映されます。

次に、寄附した自治体数を確認します。

ワンストップ特例を使う場合、ふるさと納税先が5団体以内であることが前提です。5団体を超える場合や、確定申告をする場合は、確定申告で寄附金控除を申告する必要があります。

最後に、ワンストップ特例を出した後に確定申告をしていないか確認します。

ここで確定申告をしていた場合は、ワンストップ特例が無効になっている可能性があります。

控除漏れが疑われるときの相談先

ふるさと納税の控除漏れが疑われる場合、まずは自分の手続き方法を整理しましょう。

確認したい資料は、次の通りです。

そのうえで、給与所得者で住民税決定通知書の内容を確認したい場合は、お住まいの市区町村へ確認するのが基本です。

一方で、確定申告書にふるさと納税を入れ忘れていた場合は、税務署への手続きが必要になるケースもあります。国税庁は、ワンストップ特例の申請をした方が誤って寄附金控除の適用を受けずに確定申告をした場合は、更正の請求により寄附金控除の適用を受けることができると説明しています。ただし、寄附金控除を適用しても最終的な所得税等の額に異動がない場合は更正の請求ができないため、その場合は市区町村に相談するよう案内しています。

会社側が従業員から質問されたときの考え方

この記事を読んでいる方の中には、会社の経理担当者や社長もいるかもしれません。

6月給与の時期になると、従業員から、

「住民税が高い気がします」
「ふるさと納税が反映されていない気がします」
「ワンストップ特例を出したのに控除されていないかもしれません」

と相談されることがあります。

このとき、会社ができることとできないことを分けて考える必要があります。

会社側で確認しやすいのは、

• 住民税通知書の月割額が給与計算に正しく反映されているか
• 6月分と7月以降の金額を間違えていないか
• 市区町村から届いた通知額どおりに給与控除しているか

です。

一方で、ふるさと納税が正しく控除されているか、確定申告で寄附金控除が漏れていないかといった内容は、従業員本人の申告や市区町村での課税内容に関わるため、会社だけで判断するのは難しい場合があります。

会社側の住民税通知書対応や、6月給与でミスしないための確認ポイントについては、こちらの記事で詳しく整理しています。

関連記事：
住民税の通知書が5月に届いたら会社は何をする？6月給与でミスしない確認ポイント

この既存記事では、住民税通知書が会社に届いた後、6月給与で確認したい月割額や給与計算への反映、会社側で注意したい実務ポイントを整理しています。

住民税通知書は、給与計算・年末調整体制を見直すきっかけにもなる

ふるさと納税の控除漏れ確認は、個人の税金の話に見えます。

ただ、会社側では、従業員から住民税やふるさと納税について質問されることがあります。

そのたびに、

「どこまで会社が答えてよいのか分からない」
「給与計算に反映すべき金額を間違えないか不安」
「住民税通知書の確認が毎年属人化している」
「年末調整や給与計算の対応が後手になっている」

という状態であれば、住民税通知書の時期をきっかけに、給与計算や年末調整の体制を見直すことも大切です。

特に、従業員数が増えている会社では、住民税、社会保険料、源泉所得税、年末調整などが重なり、経理・給与担当者の負担が大きくなりやすいです。

税務や給与計算まわりの確認を毎回その場しのぎで対応していると、担当者に負担が偏り、ミスや確認漏れが起こりやすくなります。

まとめ

住民税決定通知書でふるさと納税が反映されているか確認するときは、まず自分がワンストップ特例を使ったのか、確定申告をしたのかを整理することが大切です。

ワンストップ特例を使った場合でも、後から確定申告をするとワンストップ特例は無効になります。その場合は、確定申告書にワンストップ特例分も含めてふるさと納税を記載しているか確認しましょう。

また、確定申告をした場合は、確定申告書第二表の「住民税に関する事項」まで確認することが重要です。住民税に関する必要事項が記載されていない場合、住民税の控除に影響することがあります。

会社側では、従業員からふるさと納税や住民税について質問されることがあります。会社が確認できるのは、基本的には市区町村から届いた住民税通知書の金額を、給与計算に正しく反映しているかどうかです。

ビジョン・ナビでは、税務申告だけでなく、住民税通知書、給与計算、年末調整、月次管理など、会社の経理・税務まわりの整理もサポートしています。

「住民税通知書の確認が毎年不安」
「従業員からの住民税やふるさと納税の質問対応に困っている」
「給与計算や年末調整の体制を見直したい」

このようなお悩みがある場合は、まずは現在の給与計算・住民税通知書・年末調整の流れを整理してみてください。自社だけで対応が難しい場合は、税理士法人ビジョン・ナビまでお気軽にご相談ください。